Actorul cunoscut pentru rolul lui Khal Drogo din "Game of Thrones" este casatorit din 2007 cu Lisa Bonet, fosta partenera a cantaretului Lenny Kravitz si mama lui Zoe Kravitz. Cei doi s-au cunoscut in 2005, cand au si inceput o relatie, pe care au oficializat-o in 2007, cand Bonet a nascut primul copil al cuplului, Lola Iolani Momoa. In 2008, cei doi au urat bun-venit pe lume celui de-al doilea bebelus, Nakoa-Wolf Manakauapo Namakaeha Momoa.
Desi sotia este mai mare decat el cu 12 ani si cu toate ca este mereu inconjurat de femei frumoase, Jason ii este loial Lisei, care, potrivit presei insa, nu accepta cu foarte mare usurinta avansurile pe care sotul le primeste din partea altor femei.